大豆種子與根瘤菌的生長與環境有密不可分的相互關系，根瘤菌生活適應相應標準的土壤酸度，當土壤pH低于4.6或高于8時，接種功效不怎么顯著；要是土壤高溫干燥也影響到根瘤的生長，根瘤菌肥盡量施在含有有機質的土壤中，或與有機肥料相互配合采用，但不可與肥料混播。施肥料時，應將大豆種子與肥料分隔，肥料要施在種子下4厘米處為好。氮肥不能采用太多，但與磷、鉀及微量元素肥料相互配合采用，則能促使根瘤菌活性，尤其是在貧瘠的土壤上。大豆種子出苗后發覺結瘤功效差時，可在小苗周邊澆潑對水的根瘤菌肥。